Naja, in der Antike gab es durchaus religiöse Intoleranz, in Italien wurde zeitweise der Bacchuskult verfolgt, weil dieser seine Kultfeiern in geschlossenen Räumen und nicht - wie jeder anständige Kult - unter freiem Himmel abhielt.
Niemand hat dabei die Existenz oder die Verehrungswürdigkeit des Bacchus in Frage gestellt: Nicht der Glaube an den Gott, sondern die Form der Verehrung wurde verfolgt.
Ebenso gab es in der Antike sehr viel Intoleranz gegenüber denjenigen, die die jeweiligen Staatsgötter NICHT - aktiv - verehren wollte. Es war illegal, Juppiter Optimus Maximus NICHT an den entsprechenden Tagen entsprechend des eigenen Vermögen ein Opfer zu bringen.
Glaube heißt ja nicht zu glauben, dass Gott X existiert, sondern zu glauben, dass dieser Gott verehrungswürdig ist, und zu glauben, dass dieser auch auf diese Weise verehrt werden will. Der Glaube an die Existenz ist lediglich eine notwendige Voraussetzung.
Intoleranz kann sich an vielen Punkten zeigen, mit denen wir, die wir vor allem die Intoleranz der Monotheismen westlicher Prägung kennen, nicht rechnen. Wir gehen immer davon aus, dass die Glaubensinhalte der Streitpunkt sind. Ebenso gibt es die Möglichkeit der richtigen Verehrungsform - "Und was macht der Gott, wenn der Nachbar ihn durch seine vermeindliche Verehrung in Wahrheit erzürnt? Wir müssen diesen Dummkopf von Nachbar aufhalten, sonst wird Gott X das Dorf vernichten!" - oder der richtigen aus dem Glauben resultierenden Ethik - Es gibt Gegenden in Indien, da wird man gesteinigt, wenn man den Armen hilft, da ja die Armut deren Karma als Strafe ist. Wenn man denen hilft, ihr Leid lindert, müssen die armen Säue ja nochmal dadurch und haben es nicht nach diesem Leben hinter sich. Der Helfer der Armen ist damit der Böse, der diese abermals zu einem Leben in Armut verdammt! - was alles funktioniert, ohne sich über Inhalte zu streiten. Zum Teil sah man in den Göttern der Feinde die Feinde der eigenen Götter, im alten Orient war es normal, die Götter besiegter Städte in Ketten zu legen und dem eigenen Gott zu füßen zu legen. Gerade dieses Vorgehen belegt ja, dass die Leute sogar ausdrücklich von der Existenz dieser Götter ausgingen, aber man sah sie nicht als verehrungswürdig an.
Und was ist, wenn das notwendige Opfer von Gott X das heilige Tier von Gott Y ist, dem kein Schaden zugefügt werden darf. Das können die jeweiligen Götter ja gerne anders sehen; für die Intoleranz reicht es, dass die Anhänger das so sehen.
Das Potential ist da und das ist wichtig. Aber es genügt für den Plot, wenn es ein Potential ist. Ich will auch keinen grundsätzlichen Konflikt zwischen Luserianern und Yonniten, aber ich will ihn ohne Widerspruch zum Hintergrund haben können, wenn ich will.