Maluswerte addieren sich.
Auch in diesem Fall sehe ich keinen Grund warum das nicht der Fall sein sollte, weder vom Spielsystem her noch innerweltlich.
Wenn die zweite Probe 30 Minuten nach der ersten erfolgt ist würde das heißen:
0-30 Minuten: -3
31-60 Minuten: -6
61-90 Minuten: -3.
Bei kurz hintereinander abgelegten Proben würde ich das vereinfachen - es gibt für eine Stunde einen Malus von 6 Punkten.
Das könnte auch für den Charakter (hier Nichtspielercharakter) ein geändertes Auftreten bedeuten - der Charakter bricht eine gewagte Mission ab, versteckt sich oder entzieht sich einer Konfrontation.
EDIT: Auswirkungen auf Charakter hinzugefügt